Ein regulärer Fährenservice ist zu allen grösseren Insel vorhanden.

Die Fähren von Penang nach Butterworth sind trotz der "Penang Bridge" immer noch sehr populär. Sie fahren 24 Stunden und der Fahrpreis von Butterworth nach Penang beträgt 60 Sen. In der entgegengesetzten Richtung von Penang nach Butterworth ist die Fahrt kostenlos.

Moderne Fähren fahren von "Kuala Kedah" und "Kuala Perlis" zwischen 7 Uhr morgens und 19.00 Uhr stündlich nach Langkawi, der populären Touristeninsel (mehr im Langkawi Teil). Von Süden kommend ist Kuala Kedah näher, von Thailand aus ist man schneller in Kuala Perlis.

Reguläre Boote gibt es von Lumut zur Insel Pangkor. Auch die Fähren von Mersing nach Tioman fahren regelmässig.

Es gibt einen Longboat Service von Labuan nach Menumbak in Sabah. In den flussreichen Gebieten von Sarawak sind die Hauptverkehrsmittel klimatisierte Expressboote.